Η αρχή της σύστασης του Μετοχικού Ταμείου Στρατού έγινε στις 8 Οκτωβρίου 1852, όταν ο τότε Υπουργός Στρατιωτικών Σπύρος Μήλιος, παρουσίασε στην Βουλή νομοσχέδιο για τη σύσταση Ταμείου για την εξασφάλιση και ανακούφιση των χηρών και ορφανών των αγωνιστών του αγώνα της ανεξαρτησίας που έπεσαν υπέρ της Ελευθερίας της Πατρίδας, καθώς και των επιζώντων αγωνιστών του απελευθερωτικού αγώνα.

Το 1853 δημοσιεύτηκε ο νόμος περί ιδρύσεως του «Ταμείου Χηρών και Ορφανών του Στρατού της γραμμής, της Χωροφυλακής και της Οροφυλακής», με δικούς του πόρους. Το κείμενο του νόμου είχε συντάξει ο αγωνιστής και στρατιωτικός συγγραφέας λοχαγός Χρήστος Βυζάντιος, ο οποίος είχε πληροφορηθεί ότι κάτι ανάλογο ίσχυε και στους ξένους στρατούς.

Το 1861 ιδρύθηκαν τρία ξεχωριστά ταμεία (Αξιωματικών, Υπαξιωματικών και Χηρών και Ορφανών). Το 1867 τα τρία αυτά ταμεία συνενώθηκαν σε ένα, το «Ταμείον Μετοχικόν του κατά Γην Στρατού». Το 1935 με το ΠΔ (ΦΕΚ 17/1935) μετονομάσθηκε σε Μετοχικό Ταμείο Στρατού. Το 1937 με τον Α.Ν 559/1937, ο οποίος με ορισμένες τροποποιήσεις ισχύει μέχρι σήμερα, μπήκαν οι στέρεες βάσεις οργάνωσης και λειτουργίας του ΜΤΣ. Με τις προβλέψεις εκείνου του νόμου και την ισχύουσα σήμερα νομοθεσία, το ΜΤΣ είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ) και τελεί υπό τον έλεγχο και την εποπτεία του Υπουργού Εθνικής Άμυνας μέσω του Γενικού Επιτελείου Στρατού δια της Διευθύνσεως Οικονομικού (Ν.660/77 αρθ.25).